หลักการในการจัดทำเขตการค้าเสรีของประเทศไทย มีดังนี้
1) การจัดทำความตกลงเขตการค้าเสรี ควรทำในกรอบกว้าง (Comprehensive) ครอบคลุมการเปิดเสรีทั้งการค้าสินค้าและบริการ และการลงทุน รวมทั้งการขยายความร่วมมือทางเศรษฐกิจอื่นๆ อย่างไรก็ตามควรมีความยืดหยุ่น (Flexibility) ให้สอดคล้องกับระดับการพัฒนาของประเทศคู่เจรจาเพื่อให้ได้รับผลประโยชน์ทั้งสองฝ่าย
2) การจัดทำความตกลงเขตการค้าเสรีควรให้สอดคล้องกับกฎของ WTO ซึ่งมีเงื่อนไขให้การเปิดเสรีครอบคลุมการค้าสินค้า/บริการอย่างมากพอ (Substantial) สร้างความโปร่งใส และเปิดให้สมาชิกอื่นตรวจสอบความตกลง
3) การจัดทำความตกลงเขตการค้าเสรี ควรยึดหลักการแลกเปลี่ยนผลประโยชน์ (Reciprocate) และเกื้อกูลซึ่งกันและกัน โดยคำนึงถึงสถานะของไทยที่เป็นประเทศกำลังพัฒนาในกรณีที่คู่เจรจาเป็นประเทศที่พัฒนาแล้ว ไทยควรเรียกร้องความยืดหยุ่นเพื่อให้มีเวลาในการปรับตัวนานกว่า หรือทำข้อผูกพันในระดับต่ำกว่า
4) การจัดทำความตกลงเขตการค้าเสรี ควรให้ครอบคลุมเรื่องมาตรการสุขอนามัย และมาตรการที่ไม่ใช่ภาษีอื่นๆ (NTM) ด้วย
5) ความตกลงเขตการค้าเสรี ควรมีมาตรการต่างๆ เพื่อเป็นกลไกในการป้องกันผลกระทบต่ออุตสาหกรรมภายในและหลีกเลี่ยงการปฏิบัติตามพันธกรณี เช่น มาตรการ AD, CVD การใช้มาตรการคุ้มกัน (Safeguards) การใช้มาตรการที่ไม่ใช่ภาษีศุลกากร ซึ่งทำให้การดำเนินการตามพันธกรณีไม่มีผลในการเปิดตลาด รวมทั้งกำหนดกลไกการยุติปัญหาหรือข้อพิพาทอย่างเป็นธรรม
6) ในการจัดทำเขตการค้าเสรีควรให้มีผลในทางปฏิบัติโดยเร็ว ทั้งนี้ อาจมีการเจรจา ตกลงในเรื่องที่จะเป็นการเก็บเกี่ยวผลประโยชน์ระหว่างกันก่อน (Early Harvest)